Embers spielt mehr als ein Jahrzehnt nach Revelations, zu dieser Zeit lebt Ezio mit seiner Familie auf einem Landsitz in Florenz. Er befürchtet, dass ihm nicht mehr viel Zeit bleibt und dass jemand hinter seiner Familie her sein könnte. In Embers hat Ezio zusammen mit Sofia zwei Kinder, einen Sohn namens Marcello und eine Tochter namens Flavia. Eines Tages besucht ihn Shao Jun, eine Assassinin aus China. Diese hat von ihrem Meister die Anweisung bekommen, sich von dem Großmeister der Assassinen, Ezio, unterrichten zu lassen. Wiederwillig lässt er sich darauf ein. Als sie zusammen Florenz besuchen, werden sie von einem chinesischen Kämpfer angegriffen, welchen Shao Jun mit ihrer Versteckten Klinge am Fuß tötet. Nachdem sie auch auf Ezios Landsitz eines Nachts angegriffen werden, geht Shao Jun. Ezio stirbt auf einer Bank in Florenz, während er zufrieden auf seine Frau und Tochter schaut.
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